Eitt af aðalhlutverkum himna í öfugri himnuflæði er afsöltun. Í vatnsmeðferðarferlum eins og afsöltun sjós og afsöltun í brakvatni geta himnur með öfugum himnuflæði fjarlægt uppleyst sölt, kvoða, örverur og lífræn efni úr vatninu og þannig framleitt ferskt vatn. Þetta virkar með því að beita þrýstingi, sem veldur því að vatnssameindir færast frá lausnarhliðinni með há-þéttni í gegnum himnuna með öfugu himnuflæði yfir á hliðina á lausninni með litlum-þéttni og fjarlægja þar með salt. Dæmigert RO himnur hafa meira en 90% höfnunarhlutfall natríumklóríðs og sumar samsettar himnur með öfugri himnuflæði geta jafnvel náð yfir 98% afsöltunarhraða.
Sjóafsöltun er ein mikilvægasta notkun öfugs himnuflæðis tækni. Sérstaklega á strandsvæðum með -vatnsskorti veitir öfug himnuflæðistækni mikilvæga tryggingu fyrir ferskvatnsbirgðir. Í gegnum öfugt himnuflæðiskerfi er salt og óhreinindi í sjó fjarlægt á áhrifaríkan hátt og framleiðir ferskt vatn sem hentar til drykkjar og iðnaðarnotkunar. Þetta leysir ekki aðeins vatnsskortsvandann í strandsvæðum heldur stuðlar einnig að staðbundinni efnahagslegri og félagslegri þróun.